Le prunellier a des fruits beaucoup plus petits et âpres, et des rameaux épineux ; le prunier cultivé n'en a pas.
Deux « pruniers » aux fruits très variables en couleur (jaune, rouge, violet selon variété), facilement confondus par un débutant. Le prunier domestique a un noyau qui se détache facilement de la chair, alors que le prunier japonais fleurit plus précocement et abondamment (souvent dès mars avant les feuilles, fleurs groupées par 2-3) et produit des fruits généralement plus gros, plus ronds et fermes, au noyau adhérent.
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